上海国家会计学院于2000年9月正式组建，是财政部直属事业单位，实行党委领导下的院长负责制。学院董事会主席由财政部部长担任。 学院也是中国政府为促进区域能力建设而创设的亚太财经与发展学院（AFDI）所在地，拥有国际一流的教学设施和住宿生活条件。
自2004年起，学院成为国内首批开展会计硕士专业学位教育工作的单位。2011年3月，国务院学位委员会授予上海国家会计学院专业硕士学位授予权（单位代码80402），自此，学院开始独立开展会计硕士专业学位MPAcc（代码为125300）、审计硕士专业学位MAud（代码为025700）人才培养工作。2014年5月、2018年3月，学院分别获批税务、金融硕士专业学位授权点，开始开展税务硕士专业学位MT（代码为025300）、金融硕士专业学位MF（代码为025100）人才培养工作。2017年9月，学院与上海财经大学启动合作培养会计学博士研究生项目。经全国会计专业学位研究生教育指导委员会认证，学院于2015年和2020年两度通过会计硕士专业学位教育质量认证（Accreditation for Accounting Professional Education Quality，简称AAPEQ），获评A级成员单位。
上海国家会计学院2023年会计专硕MPAcc复试分数线：230/120/60
全日制
分数线：230/120/60
学费：6.8万
学制： 2年
非全日制
分数线：197/102/51
学费：12.8万
学制： 2.5年